1.及时排水，降低水位，特别是受淹严重的苗圃应尽快使圃地垅面露天，确保苗木叶面和根系的呼吸。待土壤含水量适合时，及时对苗木周边的土壤进行中耕松土，增加根部透气性，有效恢复树势。
2.容器小苗、灌木地和地被苗受淹后，要用水把叶面沾着的泥土冲洗干净，保证叶面呼吸、减少病害
3.用药防病：水淹后苗木容易受到病菌侵害，可用代森锰锌、托布津、多菌灵、恶霉灵杀菌剂等喷雾防病。
4.及时扶正，加强培土。及时扶正歪斜、倒伏的苗木，对于根基不牢的苗木，加强对根部的培土、踏实。对于伤根严重的苗木，采用树冠剪叶、疏枝的方式，减少叶片蒸腾，防止死亡。
5.及时清理受损苗木。对于树枝断裂的受伤苗木要及时清除断枝败叶；对于不能恢复生长的断干苗木及根系伤害严重的苗木要及时清除，待生长恢复后再进行一次修剪，促发新梢。